保证行政执法的有效性和及时性，合同的行政监管应从合同的订立、合同的履行到合同的终止实行全过程监督管理。行政监管的方式，从总体上可以分为事前审查、事中监督和事后验收三种方式。
事前审查是指行政主管部门对合同当事人订立的合同进行审查，查看合同的主体、客体和内容是否符合法律规定。事中监督是指在合同履行过程中行政主管部门对合同当事人的检查督促，包括检查当事人是否有利用合同变更进行不法性活动等。所谓事后验收，是指行政监管部门在执法过程中，对已经履行完毕的合同及时验收，发现无效合同，及时处理，对有过错的当事人进行行政处罚，构成犯罪的，移交司法机关处理。
由于建筑工程投资额巨大，合同的不良履行会直接危及国家和人民的生命、财产安全，一旦出现问题，后果严重，难以弥补。因此，必须加大建筑工程合同的行政监管力度。对建筑工程合同的行政监管主要包括以下几方面：
1)加强合同主体资格认证工作
合同主体是否合格，直接关系到合同是否有效，合同能否得到公正合理地履行。因此，必须建立建筑许可制度，加强从事建筑工程活动的单位市场准入与清出管理。凡从事勘察、设计、施工、监理、造价咨询等活动的单位，必须依法取得相应的资质证书，严禁无证、越级和超范围承接工程任务。 同时，与其他行政主管部门一起，加强对建设单位主体的确认工作，如审查建设单位是否取得土地使用权、规划许可证，建设资金是否已经落实等。
2)加强招标投标工作的监督管理工作
《招标投标法》规定，大中型建设项目的主体工程设计、施工、监理等，必须实行招标投标。为了保证招标投标工作公平、公正、公开开展，工商行政管理部门和建设行政主管部门应当加强对招投标活动的监督，杜绝违法违规现象发生。
3)规范合同当事人签约行为
(1)检查发包人和承包人是否按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，有否另行订立背离合同实质性内容的其他协议的行为。
(2)大力推广示范合同文本，提倡或者鼓励当事人使用示范合同文本，这对于规范当事人订约行为，简化签约手续，公正地维护当事人的合法权益，减少不必要的纠纷都具有重要的实践意义。
(3)做好合同的登记、备案和鉴证工作，将合同当事人的有关情况及合同的主要内容记录在案，对合同的合法性及有效性进行实质性审查，一方面可以对合同当事人产生公信力，另一方面为以后行政监管部门履行监督管理职责提供资料信息来源。在立法上，可以将行政管理部门对合同的登记、鉴证等作为建筑工程合同生效的要件。事实上，有些地区的工商行政管理部门对建筑工程承包合同等要求进行鉴证。这样，可以建立预防机制，在很大程度上将不合格主体排除在外，把合同可能造成的危害后果消灭在萌芽状态。
4)加强合同履行的跟踪检查
合同行政监管部门依据登记、备案和鉴证所提供的资料，对合同的履行(包括合同内容的变更、权利义务的转让、合同的解除与终止等)进行跟踪检查，发现不法性行为及时纠正，及时处理。如果构成犯罪的，移交司法机关处理。特别应当加大对重大工程建设过程的监督检查力度，及时发现违法违规现象及工程隐患，避免或减少国家和人民生命财产遭受损失。
5)加强合同履行后的审查
即行政主管部门对履行完毕的合同进行审查，察看有无违法违规行为，如发现问题，及时处理并予以行政处罚;构成犯罪的，移交司法机关处理。
当然，行政主管部门应当严格按照职权范围行使监管职责，不得随意扩大职权甚至践踏法律。同时，如果合同当事人对行政监管执法持有异议，可以提起行政复议或行政诉讼，通过合法手段保护自己的合法权益。
