程序整体的理念是刑事诉讼的基本出发点，要求刑诉工具书的体系设计与栏目设置必须对其予以充分考虑。基于此，《实务刑事诉讼法评注》搭建以刑诉法条为本原的规范体系，将相关司法解释、规范性文件及其他规范纳入其中，尽可能完整呈现规范以保持内在逻辑和体系，进而围绕实务中的疑难问题加以解析，真正促进刑诉法条在实务中的贯彻落实。
(一)以刑诉法条为本原
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刑事诉讼法的贯彻实施业已形成“4+N”体系，使得不少实务工作者易陷入“只见司法解释，不见法条”的状况。久而久之，法条虚无主义现象开始出现。刑事实务工作者始终不应忘记的是，“4+N”体系囊括的司法解释、规范性文件，条文再多、体系再完整，都是紧紧围绕刑事诉讼法而制定的，都是为了更好地落实刑事诉讼法的各项规定。刑事诉讼法方为相关司法解释、规范性文件的本源。
刑事诉讼法是规范刑事诉讼活动的基本法律。无论是侦查机关立案侦查，还是司法机关后续办理案件，都应当以刑事诉讼法为基本依据。尊重刑事诉讼法，认真对待法条，应当成为刑事实务工作者的基本理念。有鉴于此，本书强调对刑事诉讼法核心地位的认知，以刑诉法条作为规范体系的本原，将相关司法解释、规范性文件及其他规范围绕刑诉法条展开编排。作此编排，旨在提醒实务工作者在司法办案中应时刻不忘法条，真正做到认真对待法条。
(二)以贯彻实施为目的
法律的生命在于实施。刑事诉讼法多为操作层面的规范，主要是如何结合实际情况贯彻执行的问题。刑诉工具书应当以便利刑诉法条规定的贯彻实施为出发点，相关规范收录范围须以此为基点。
本书对此作了充分考虑。刑诉工具书应讲求“实用”“好用”“管用”，以快速解决常见问题为目标。基于此，刑诉工具书对全面收录的刑诉规范应当划分层级，而不应等而观之。而相关层级的划分，还须回到刑事诉讼法保障实施的规范体系，充分体现刑诉规范的体系特点。具体而言，在刑事诉讼法“4+N”的贯彻实施体系之下，司法实务八成以上问题可以在刑事诉讼法及“高法解释+高检规则+公安部规定+海警局规定”之中找到依据;而在此基础上补充制定的其他司法解释、规范性文件，也以前者为基础。这就使得实务工作者运用刑诉规范区分层次成为可能，即优先查找刑诉法条、立法解释、“六部委”规定等立法层面的规范和基本规范;而后在必要时，再行查找其他规范。这就是本书区分基本规范与其他规范的主要缘由，目的就是与刑事诉讼法的贯彻实施体系保持一致，便于实务工作者在刑事诉讼领域“找法”，做到“手中有规范，心中有体系”。
(三)以完整呈现为原则
与个案之中刑法的适用集中于特定法条有所不同，办理刑事案件之中对程序法的适用可谓“全流程”：即便是侦查机关，适用的也不限于特定条文，至少要囊括全部侦查程序的规范，特别是在推进以审判为中心刑事诉讼制度改革的背景之下，侦查阶段收集提取证据就应考虑审判阶段审查证据的要求，自不应无视侦查后续环节的相关程序规范;就检察机关和人民法院而言，全流程适用程序规范自不待言，这是证据审查和案件办理的起码要求。而且，“4+N”体系所涉规范，特别是“高法解释+高检规则+公安部规定+海警局规定”，由于条文数量多达数百条，往往采取特定的内在逻辑结构加以编排。对刑诉规范作过细的拆分，固然有助于迅速定位并直接关联条文，但会使得刑诉规范体系“支离破碎”，不利于对规范的全面把握与整体运用。
基于此，本书收录的“其他规范”，尽可能不作拆分，而是以全文、整体面貌呈现，保持各部规范的整体全貌;对于“基本规范”，由于高法解释、高检规则、公安部规定、海警局规定均属“大部头”规范，无法做到全文呈现，但亦尽量以章节作为切割单位，体现关联性，确需在章节之内再作拆分的，亦保留所在章节标题，便于判断相关法条的体系位置。作此处理，实则提倡对相关规范的全流程掌握与体系化运用，旨在提醒实务工作者关注其内在逻辑，注重程序的整体性。
(四)以疑难解析为重点
较之静态规则，司法实践更加丰富而多彩。正因此，刑事实务遭遇规则盲区则成为必然甚至多发现象。面对层出不穷的刑诉实务难题，工具书应当提供适当指引，以方便实务工作者在必要时习惯“求助于书”。实际上，解决这些问题，也是确保刑诉法条和相关规范在具体案件中得到统一正确实施的必要前提。
